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Le TGen, abréviation de « Translational Genomics Research Institute », est un institut de recherche biomédicale situé à Phoenix, en Arizona. Fondé en 2002, le TGen est un organisme à but non lucratif dédié à la recherche en génomique et à son application dans la médecine translationnelle, c’est-à-dire la traduction concrètes des découvertes scientifiques en méthodes et outils de diagnostics et en traitements innovants pour les patients.
Le TGen se concentre sur plusieurs domaines de recherche, notamment la génomique du cancer, les maladies infectieuses, les maladies neurologiques et les troubles génétiques. Il travaille à la fois sur la découverte de nouvelles thérapies et diagnostics, ainsi que sur le développement de solutions personnalisées basées sur la génomique pour améliorer les résultats cliniques pour les patients.
« Chaque hôpital a son lot de patients qui déconcertent le corps médical, explique le Dr. Nicholas Schork, directeur du département Médecine quantitative et biologie des systèmes de TGen. Ils présentent des troubles graves et incapacitants, et sont examinés par une myriade de médecins. Mais il est rare que ceux-ci puissent trouver la cause de leurs problèmes et proposer un traitement efficace. »
7 heures. C’est le temps nécessaire pour traiter un échantillon génomique, comprendre la cause de la maladie d’un patient et développer un traitement.
Source : https://www.intel.fr/content/www/fr/fr/customer-spotlight/stories/tgen-customer-story.html
Pour aider les médecins et les chercheurs à optimiser le diagnostic, le traitement, la guérison et la prévention de maladies ayant une cause génétique sous-jacente, il est capital d’aller toujours plus vite sans le séquençage des milliards de marqueurs génomiques.
À l’instar d’Auragen, la plateforme française née en 2019 dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 et implantée en région Auvergne-Rhône-Alpes, le TGen est engagé dans une course contre la montre pour sauver des vies. Pour relever ce défi, cet institut américain a récemment modernisé son datacenter.
Une combinaison d’expertises au service de la performance
Pour accomplir sa mission le TGen génère, stocke et manipule plusieurs pétaoctets de données. Et alors que la puissance des supercalculateurs augmente de manière exponentielle, le HPC ouvre de nouvelles perspectives aux scientifiques, chercheurs, universitaires et ingénieurs.
Pour traiter plus efficacement ses grands volumes de data, le TGen a donc demandé aux sociétés Dell et Intel de l’accompagner dans la mise en place d’une infrastructure de calcul haute performance.
Le datacenter a ainsi été doté de nouveaux serveurs PowerEdge équipés de processeurs Intel Xeon Scalable et d’une mémoire Intel Optane, qui augmente la capacité de stockage mais contribue surtout à accélérer les traitements. Grâce à ce travail de modernisation, TGen est parvenu à réduire drastiquement le temps de séquençage du génome.
Une opération qui demandait à l’origine près de deux semaines de traitement pouvait alors être effectuée en seulement 7 heures !
Un objectif clair : laisser le TGen focaliser ses ressources sur la R&D, et non sur la gestion d’une infrastructure complexe.
Abolir les freins technologiques pour faire avancer la recherche
La collaboration entre le TGen, Intel et Dell a débuté en 2012. Depuis cette date, des ingénieurs des deux entreprises ont travaillé bénévolement pour participer à la création d’une plateforme optimisée, conçue pour un traitement rapide des échantillons.
Cet engagement commun vise à atteindre un objectif clair : laisser le TGen focaliser ses ressources sur la R&D, et non sur la gestion d’une infrastructure complexe. Faire gagner du temps aux médecins et chercheurs est en effet une des promesses de la technologie.
Ainsi, les chercheurs peuvent se concentrer sur l’essentiel : optimiser les pipelines génomiques pour obtenir des résultats rapides, mais aussi tâcher d’identifier des traitements adaptés dans les délais les plus brefs.
